El 24 de enero de 1851 el gobernador del estado don Gregorio Payró expidió un Decreto por el cual todo varón habitante del partido de San Juan Bautista (hoy Municipio del Centro) desde la edad de 14 años, excepto los militares y pobres que subsistían de la caridad pública, pagara medio real cada mes que se destinaría a la construcción de la iglesia parroquial de la ciudad capital; a los empleados del Estado, la Tesorería les descontaría medio real mensual por cada $10.00 que devengaran de sueldo. El cobro se haría hasta la terminación de la construcción del templo de "Nuestra Señora de la Inmaculada Concepción".
Entre 1858 y 1860, siendo gobernador del estado don Simón Sarlat, probablemente con el dinero recaudado antes, se reconstruyó la iglesia. Por desgracia poco duro el gusto, ya que volvió a ser destruida durante las batallas que se dieron en San Juan Bautista debido a la resistencia de los tabasqueños a aceptar el Segundo Imperio Mexicano encabezado por Maximiliano de Habsburgo y representado en Tabasco por Eduardo González Arévalo.
A finales del siglo XIX se construyó en este mismo lugar, el actual, una edificación de piedra con imagen virreinal que para fortuna nuestra fue registrada en fotografía, al final del Porfiriato. Esta misma construcción es la que se le autorizó al obispo, Dr. Leonardo Castellanos, para que derribara las paredes y techos por que esta amenazaba con caer. La Secretaria de Hacienda le autorizó, también, a construir un nuevo edificio.
Este último edificio fue, de nuevo, bastante maltratado cuando el cañonero "Guerrero" bombardea la ciudad de Villahermosa como consecuencia de las batallas que se dieron entre los garridistas y el gobierno federal en contra de los Delahuertistas que se habían refugiado en el estado y sobre todo en Puerto Álvaro Obregón (hoy Frontera) de donde huyó la mayoría hacia la Isla de Cuba. Estos acontecimientos se dieron entre 1923 y 1924. Fue reconstruida por los vecinos entre los que destacó la familia Granier Armengol.
El 12 de diciembre de 1931, dentro de su Campaña Antirreligiosa, el Bloque de Jóvenes Revolucionarios "Camisas Rojas" celebraron una sesión en el templo ya convertido en edificio público. Durante esta reunión se dijeron diversos discursos y conferencias sobre el fanatismo; al terminar, un grupo se formó en la calle en donde en una hoguera, creada ex profeso, se quemaron varios santos y afiches religiosos.
A mediados o finales de 1934 los garridistas habían tirado casi en su totalidad el templo de "La Conchita”, pues lo único que sobrevivió fue el espaldar del altar y una pequeña parte de la pared correspondiente a la última ventana de la calle de Independencia. Los vecinos lograron convencer a don Tomás y salvaron algunas cosas de la iglesia, una de ellas fue el piano de cola que doña María Angélica de los Dolores Armengol Fernández de Granier logró que le fuera entregado al joven Manuel Pérez Merino para que practicara y perfeccionara sus habilidades musicales.
Debido a que los garridistas habían escarbado buscado en el piso de la iglesia algún tesoro o algo de valor, con las primeras lluvias se hizo una posa en la que alguien del barrio murió ahogado hacia 1935. El 15 de septiembre de 1937 en el mismo lugar que había ocupado la iglesia se inauguró un Teatro al Aire Libre aprovechando los últimos muros que quedaban en pie.
El templo fue levantado de nueva cuenta por los “Reconstruccionistas" movimiento católico que siguió a la caída de Garrido y que fue dirigido por Salvador Abascal. La reconstrucción inició en mayo de 1938 y terminó a principios de la década de 1950 con éste estilo: gótico flamígero, único en el estado. Sin embargo las obras anexas a la iglesia no han parado ya que a principios de la década de 1960 fue derrumbado lo que había sido el Palacio Municipal del Centro desde el Porfiriato. Junto con la alineación de la calle Ignacio Allende permitió redefinir y ampliar el atrio de la iglesia.
A lo largo de las siguientes décadas el Obispado fue adquiriendo las propiedades vecinas, hacia la izquierda de la facha, con lo que los servicios administrativos y áreas de uso interno fueron creciendo; el atrio se modificó, de nuevo, a principios de la década de 1980 creándose el estacionamiento del frente y, finalmente en 1998 fue modificado el atrio, otra vez, para cerrarlo y evitar el uso y abuso que hacían de él los diferentes grupos de protesta que tomaban la Plaza de Armas y el Parque Lic. José María Pino Suárez.
